La decisión del Padre Mugica de renunciar de manera pública y en medio de una asamblea villera al cargo de asesor ad honorem del Ministerio de Bienestar Social, en agosto de 1973, terminó de enfrentarlo con el poderoso titular de esa cartera e ideólogo de la Triple A, José López Rega.
El cura de la Capilla Cristo Obrero de la Villa 31 había sido una de las personas que había tenido en consideración el presidente Juan Domingo Perón para poner al frente de la cartera social.
Sin embargo, el que terminó quedándose con el destacado puesto fue «Lopecito», hombre de confianza de la entonces vicepresidenta, María Estela Martínez de Perón.
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De todos modos, el General le pidió al Padre Carlos que se involucrara como asesor, algo que el párroco aceptó hacer de manera ad honorem y no sin meditarlos y consultarlo con allegados y pobladores del asentamiento porteño.
Pero con pocas semanas en ese rol, Mugica se dio cuenta de que desde allí no podría cumplir su objetivo de impulsar un cambio para los vecinos de las distintas villas.
Fiel a su estilo, decidió consultar en un multitudinario encuentro del Movimiento Villero Peronista sobre qué debía hacer: permanecer en la asesoría o dar un paso al costado.
«Compañeros, ustedes saben bien que esta asesoría yo la acepté después de haber consultado a los compañeros villeros y de haber consultado también a los compañeros sacerdotes. También sé que muchos de ustedes me han dicho qué razón tiene que continúe en un cargo cuando sabemos que las continuas demandas que hacemos no encuentran ninguna respuesta», expresó en la asamblea registrada por cámaras de televisión.
Y continuó: «Les voy a leer a ustedes el texto de mi renuncia, para ver si ustedes están o no de acuerdo que yo me aleje del Ministerio de Bienestar Social».
Ante los vítores de la multitud, el Padre Mugica expresó: «Esta aclamación que acaban de hacer me autoriza a poner que la renuncia es a pedido de los compañeros villeros».
Acto seguido, leyó la carta de dimisión: «Discrepando fundamentalmente con la política del Ministerio de Bienestar Social en relación a las villas, ya que se les niega a los compañeros villeros toda participación creadora de la solución de sus problemas, y a pedido de los compañeros villeros renuncio a las funciones de asesor de este Ministerio y reafirmo mi adhesión al proceso de reconstrucción nacional impulsado por el general Perón, trabajando como sacerdote desde el pueblo y junto al pueblo como lo señalan nuestros obispos».
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Nuevamente, los presentes expresaron su apoyo a la decisión del párroco, quien terminó así de alejarse de la cartera social.
Horas después, en una entrevista televisiva, el cura fundamentó: «Renuncié, un poco haciéndome eco del sentir de mis compañeros villeros y de mis compañeros sacerdotes, porque ya no servía yo de puente entre las inquietudes de los villeros que quieren que sus problemas se soluciones a través de las empresas populares».
Éso fue tomado por López Rega como una afrenta abierta, clara y directa, que luego terminaría en el asesinato del Padre Mugica a manos del integrante de la Triple A y custodio de «Lopecito», Rodolfo Almirón, el 11 de mayo de 1974 en la puerta de la Iglesia San Francisco Solano, del barrio porteño de Villa Luro.
