El templo original que había sido construido, posiblemente entre los años 1790 y 1800, fue casi totalmente destruido por un incendio en la noche del 1 de noviembre de 1849. Durante muchos años, casi diez, la parroquia funcionó en dependencias cedidas por el Colegio del Uruguay, en el ala sur del nuevo edificio.
Ya desde 1854 se tienen referencias de tratativas llevadas a cabo por el cura de la ciudad, Gregorio Céspedes quien había interesados para la construcción de un nuevo templo al Arq. Esteban Dellepiane, pero esas gestiones no prosperaron, así que hubo que esperar hasta el año 1857, para que el general Urquiza, presidente de la Confederación, informara al párroco Domingo Ereño que había encargado el proyecto de construcción del nuevo templo al Arquitecto italiano Pedro Fossati, el mismo elaboró los planos y presupuestó la obra en 156.000 pesos fuertes, presupuesto que fuera aprobado por una Comisión creada a ese efecto.
En febrero se firma el contrato con el Arq. Fossati, que entre otras cosas se comprometía a terminar la obra en 18 meses y se especificaba que en el contrato no estaban incluidos “los altares, torre y casa del cura”. El 27 de abril Fossati al mando de aproximadamente 40 operarios comenzó la apertura de los cimientos colocándose la Piedra Fundamental el 8 de diciembre de 1857.
Finalmente la obra fue construida en 18 meses, y fue consagrada el 25 de marzo de 1859 por el Nuncio Apostólico, monseñor Marino Marini, contando con la presencia del general Justo José de Urquiza quien desde las escalinatas de la parroquia expresó “Aquí se dio el primer grito de libertad y organización que inició tan grande para la república, aquí edifiquemos el primer templo: Es un baluarte más de los principios que sostenemos y que hemos hecho triunfar”.
En la ceremonia se oyeron las campanas “Don Justo” y “Doña Dolores” (hoy en desuso), estuvieron presentes, además del Presidente de la Confederación, el Ministro del Interior Santiago Derqui, el Vicario General Monseñor Miguel Vidal, el Párroco Dr. Domingo Ereño, una Comitiva Oficial de la Capital de la Confederación Argentina, la familia del Presidente y todo el pueblo de la ciudad y localidades vecinas.
Es Basílica Menor desde el 24 de septiembre de 1980, el documento fue firmado por el Papa Juan Pablo II, siendo el título completo: Basílica Menor de la Inmaculada Concepción, Filial de San Juan de Letrán. Por ser filial de San Juan de Letrán, todos los fieles cristianos que visiten en peregrinación en ciertas fechas, pueden válidamente ganar, usar, disfrutar, gozar de las indulgencias, privilegios y gracias espirituales como si visitasen personalmente la Archibasilica Romana.
En el año 1949 fueron agregadas las 2 torres campanario. Desde 1871 alberga los restos del general Justo José Urquiza, quienes desde 1967 se encuentran, junto con los de sus padres y esposa Dolores Costa. En un mausoleo que fuera inaugurado en el año 1967 con la presencia del Presidente de la Nación. Su costo fue afrontado, en parte, a través de las ganancias de las Estancias del Estado, mientras que los altares, los ornamentos y los objetos del culto fueron donados por el general Urquiza.
En los últimos años fue puesta en valor totalmente y se incorporaron en la cúpula pinturas que muestra diferentes escenas religiosas.
Fue declarada Monumento Histórico Nacional por el Decreto Nº 112.765 de septiembre de 1942, este Decreto lleva la firma del Vicepresidente en ejercicio del Poder Ejecutivo Ramón S. Castillo.
(Texto: Virginia Civetta y Carlos Ratto. Fuentes: Albertinazzi, Nélida, “Breve Reseña Histórica de la Inmaculada Concepción”, 2003. Nadal Sagastume, José, “Nuestra Parroquia”; Abescat, Francisco “La Ciudad de Nuestra Sra. de la Concepción del Uruguay” y Urquiza Almandoz, Oscar, “Historia de Concepción del Uruguay” Tomo II)
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